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- 実験医学別冊 論文図表を読む作法～はじめて出会う実験＆解析法も正しく解釈！生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典
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序文
序
論文に使用される図表の種類が増えている．そのために，図表を理解するのがたいへんで，論文を読むこと自体を敬遠してしまう．「抄読会の準備があるので実験できません」などはもっての外だが，どうも本音はそうらしい．立派な大学院生は，実験書を読み，ネット検索をしながら勉強しているが，やはり時間がかかってしまう．じつは，自分も専門外の図表を解釈するのに苦労している．
これからますますたいへんな時代だなと思っていたところ，ついに「別に実験できなくてもいいので，図表の意味だけ知りたいです」という強者がでてきた．「とんでもない 原理から勉強しろ！」と言いたいところだが，まずは研究の面白さに触れて貰わないといけない．しかたないので「それではそういう本を買うので，探してきてくれ」と言うと，「そんな本はありません」との答えであった．
そこで，一念発起．それなら，そのような本をつくろうかとなった．実験・解析の詳細は思いっ切り割愛して，どのような目的の実験・解析で，何が示されているかのみを理解するための本，である．大学生・大学院生でまだ論文を読みはじめて間もない方，少し異なる研究分野の論文を読もうと思っている研究者の方を始め，すべての研究者の方が気軽に読めて，まずは論文を解読し，その次にもっと重要なことに時間を使っていただくための本を作りたいと思った．同時に，科学者とそのタマゴが読むのであるから，原理も，予備知識がない人向けに簡潔に説明されている必要がある．
編者2 名で相談し項目立てを行ったが，インフォマティクス・マイクロバイオームなどわれわれが不案内な分野に関しては，その分野のトップの先生に編集のご協力を仰いだ．新しい試みにもかかわらず趣旨にご賛同いただき，さらには必要にして十分な項目を設定いただいたことに改めて感謝申し上げたい．
分かり易く書くということと正確に書くということはときとしてトレードオフになる．その場合，科学者の性分として正確に書きたくなる．「これもあった方がよいかも」というのも出てくる．そこをぐっと抑えて，分かり易く，最小限のことを簡潔にご記載いただけるように，執筆者の先生に伏してお願いした．すべての方が趣旨をご理解くださり，編者からの細かな注文にも快くご対応くださったことに深く感謝致したい．
本書が，研究を始めたばかりの方が図表の意図するところを簡単に理解する一助となり，ベテランの方にも専門外の図表を気軽に調べていただくお役に立てば，編者の望外の幸せである．
2022年6月
牛島俊和，中山敬一
目次
序［牛島俊和，中山敬一］
第1章 色々な解析に使えるエッセンシャル［編集協力：島村徹平］
1 統計的仮説検定とp値
2 多重比較と多重検定補正
3 信頼区間
4 t検定
5 ANOVA
6 棒グラフ
7 相関解析
8 線形回帰
9 カーブフィッティング
第2章 核酸解析［編集：牛島俊和］
1 バイオアナライザ・TapeStationとRIN値・DIN値
2 アガロースゲル電気泳動
3 PCR／RT-PCR
4 定量的PCR
5 デジタルPCR
6 バイサルファイトシークエンス
7 G分染法
8 DNA-FISH解析
9 間期核FISH解析
10 Promoterアッセイ
11 Gel Shiftアッセイ
第3章 細胞の形態や性質の解析［編集協力：金田篤志］
1 免疫組織化学
2 蛍光染色
3 走査電子顕微鏡
4 透過電子顕微鏡
5 細胞増殖アッセイ
6 フローサイトメトリー
7 細胞周期
8 Annexin Ⅴ assay／Sub-G1 assay
9 TUNEL assay／Comet assay
10 薬剤感受性試験
11 細胞運動能アッセイ
12 Oil Red O染色
13 3D culture
14 造腫瘍性（同種・異種移植実験）
15 細胞老化
第4章 タンパク質解析［編集：中山敬一］
1 ポリアクリルアミド電気泳動
2 Western blot
3 二次元電気泳動
4 FRET
5 タンパク質半減期測定
6 ユビキチン化アッセイ
7 オーキシンデグロン法
8 PROTAC
9 Fluoppi
10 BiFC／SplitGFP
11 インターラクトーム解析
12 ELISA法
13 IP／RIP
14 カラムクロマトグラフィー
15 ショットガンプロテオミクス
16 ターゲットプロテオミクス
17 結晶構造解析
18 クライオ単粒子解析
19 NMR解析
20 表面プラズモン共鳴法
21 等温滴定型カロリメトリー
22 Phos-tag
23 インビトロヘリカーゼアッセイ
24 ショ糖密度勾配遠心法
25 高速AFM
第5章 代謝解析［編集協力：尾池雄一］
1 リピドミクス
2 細胞外フラックス解析
3 高血糖クランプ／高インスリン正常血糖クランプ
4 ブドウ糖負荷試験／インスリン負荷試験
5 メタボローム解析／代謝フラックス解析
6 代謝ケージによるマウス代謝測定
7 寒冷刺激試験
第6章 実験動物・遺伝子改変動物解析［編集：中山敬一］
1 CT
2 MRI
3 PET／SPECT
4 光イメージング
5 Cre/loxPシステム
6 遺伝学的系統追跡
7 電気生理学的手法
8 覚醒下脳イメージング
9 光遺伝学
10 オープンフィールド試験
11 モリス水迷路試験
12 Three-Chamber test
第7章 NGSなどを用いた網羅的解析［編集協力：兒島孝明］
共通
1 マイクロアレイ
2 Volcano plot
3 Pairwise scatter plot
4 Gene ontology解析
5 階層的クラスタリング
6 k-meansクラスター解析
7 PCA
8 メタジーン解析
9 モチーフ図
10 STRING（ネットワーク解析）
11 KEGG pathway
12 ネットワーク解析
変異とSNP（GWAS）
13 変異シグネチャー
14 Circos plot
15 Manhattan plot
16 Regional plot
17 ハプロタイプ
18 Accumulation curve
発現
19 MA plot（RNA-seq）
20 t-SNE／UMAP（シングルセルRNA-seq）
21 Trajectory 解析／Pseudotime解析
22 RNA velocity解析
23 TCR/BCRレパトア解析
24 Ribo-seq
エピゲノム解析
25 ChIP-seq
26 ATAC-seq
27 Hi-C
第8章 マイクロバイオーム・メタゲノム解析［編集協力：長谷耕二］
1 16SリボソームRNA配列解析
2 ショットガン・メタゲノム解析
3 注釈付き系統樹
4 α多様性解析
5 β多様性解析
第9章 臨床情報解析［編集協力：山本精一郎］
1 Kaplan-Meier法
2 ROC曲線
3 多変量解析
4 メタアナリシス
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書籍情報
- ISBN：9784758122603
- ページ数：288頁
- 書籍発行日：2022年6月
- 電子版発売日：2022年7月13日
- 判：A5判
- 種別：eBook版 → 詳細はこちら
- 同時利用可能端末数：3
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