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- 実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド~最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!
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内容
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序文
目次
序―配列からバイオロジーへ[鈴木 穣]
空間オミクス解析への期待[神原秀記]
“使う”時代がやってきた[菅野純夫]
概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド[鹿島幸恵,鈴木 穣]
実践編
第1章 技術とプロトコール
1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結/FFPE組織検体の解析[森 裕太郎,山本雄介,吉田康将,岡本康司]
2 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール[永澤 慧,金井昭教,鈴木 穣]
3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析[藤井元人,鈴木絢子,水野裕介,関 真秀,鈴木 穣]
4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化[門城 拓,小井土 大,鎌谷洋一郎]
5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ[大西雅也,鈴木 穣]
6 空間トランスクリプトーム HybISS(Hybridization-based in situ sequencing)[砂留一範,山本拓也]
7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq(STOmics)[金井昭教,鈴木 穣]
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析[松永浩子,細川正人,竹山春子]
column セミバルクRNA-seq[関 真秀,永澤 慧,鈴木絢子,鈴木 穣]
8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー[小亀敏明,平田勝啓,南 風花,椛島健治]
9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色[善光純子,永澤 慧,鈴木絢子,鈴木 穣]
10 空間プロテオーム(空間トランスクリプトームも可能) GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析[谷口智憲]
11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス[加藤美樹,菅谷麻希,大澤 毅]
第2章 データベース
12 バイオイメージングデータベースの現状と展望[京田耕司,大浪修一]
13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析[森 智弥,藤渕 航]
応用研究編
第1章 発展的空間オミクス解析
1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線[二階堂 愛]
2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析[飯田渓太,岡田眞里子]
3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術[小嶋泰弘,島村徹平]
4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析[洲﨑悦生]
5 イメージングによるオミクス状態の推定[岡田康志]
第2章 活用例と展望
6 免疫研究と空間オミクス解析[鹿島幸恵,鈴木 穣]
7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え[猪原史成,山本雅裕]
8 心臓血管疾患と空間オミクス解析[野村征太郎]
9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開[鈴木利宙,中面哲也,関 真秀,鈴木 穣]
10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状[森 大輔,有岡祐子,久島 周,奥村啓樹,尾崎紀夫]
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