序―配列からバイオロジーへ［鈴木　穣］

空間オミクス解析への期待［神原秀記］

“使う”時代がやってきた［菅野純夫］

概論　空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド［鹿島幸恵，鈴木　穣］

第1章　技術とプロトコール

1　空間トランスクリプトーム　Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析［森　裕太郎，山本雄介，吉田康将，岡本康司］

2　空間トランスクリプトーム　Visium のデータ解析ツール［永澤　慧，金井昭教，鈴木　穣］

3　空間トランスクリプトーム　ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析［藤井元人，鈴木絢子，水野裕介，関 真秀，鈴木　穣］

4　空間トランスクリプトーム　深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化［門城　拓，小井土 大，鎌谷洋一郎］

5　空間トランスクリプトーム　Xenium In Situ［大西雅也，鈴木　穣］

6　空間トランスクリプトーム　HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）［砂留一範，山本拓也］

7　空間トランスクリプトーム　Stereo-Seq（STOmics）［金井昭教，鈴木　穣］

column　ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析［松永浩子，細川正人，竹山春子］

column　セミバルクRNA-seq［関　真秀，永澤　慧，鈴木絢子，鈴木　穣］

8　空間プロテオーム　Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー［小亀敏明，平田勝啓，南　風花，椛島健治］

9　空間プロテオーム　PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色［善光純子，永澤　慧，鈴木絢子，鈴木　穣］

10　空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能）　GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析［谷口智憲］

11　空間メタボローム　メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス［加藤美樹，菅谷麻希，大澤　毅］

第2章　データベース

12　バイオイメージングデータベースの現状と展望［京田耕司，大浪修一］

13　遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析［森　智弥，藤渕　航］

第1章　発展的空間オミクス解析

1　空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線［二階堂　愛］

2　空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析［飯田渓太，岡田眞里子］

3　空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術［小嶋泰弘，島村徹平］

4　セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析［洲﨑悦生］

5　イメージングによるオミクス状態の推定［岡田康志］

第2章　活用例と展望

6　免疫研究と空間オミクス解析［鹿島幸恵，鈴木　穣］

7　空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え［猪原史成，山本雅裕］

8　心臓血管疾患と空間オミクス解析［野村征太郎］

9　がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開［鈴木利宙，中面哲也，関　真秀，鈴木　穣］

10　精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状［森　大輔，有岡祐子，久島　周，奥村啓樹，尾崎紀夫］

索引